De la mayoría de los foros y eventos de SEAE se han publicado Actas. Además, SEAE ha coeditado distintas publicaciones sobre la agricultura ecológica, y elaborado otras publicaciones de carácter más interno, como los boletines y hojas informativas de SEAE, además de informes y dossiers, con contenidos relativos al desarrollo de la AE. Además se ha colaborado con diversas revistas en la publicación de artículos divulgativos.

Las publicaciones de SEAE son editadas tanto en formato de papel como de disco CD-ROM y DVD, estando todas ellas disponibles a la venta en la Librería Virtual. Otras publicaciones también están accesibles vía online y/o tienen versiones digitales descargables.